La rive nord du lac d'Annecy fut occupée au moins dès 3 100 av. J.-C. Annecy, qui s'appelait Boutae, fut une bourgade industrieuse à l'époque romaine (50 avant J-C).Boutae est le nom romain d'Annecy, découvert dans une inscription à Meythet (C.I.L., XII, n°2532).

À la chute de l'empire romain les grandes invasions amenèrent une telle insécurité que la ville dépérit complètement. La légende veut que les survivants se réfugièrent sur le coteau d'Annecy-le-Vieux, ce qui n'a jamais été attesté par l'archéologie.

Située à égale distance entre Genève et Chambéry, son histoire du Xe au XIXe siècle fut fortement marquée par l'histoire de ces deux villes. Dépendante du comté de Genève, elle en devint la capitale lorsque ses comtes furent chassés de leur ville au XIIIe siècle à la suite de graves conflits avec les évêques.

À partir du XIIe siècle, les rives du Thiou furent le lieu d'intenses activités artisanales, commerciales puis industrielles.

Après l'extinction de la famille de Genève en 1394 dont le dernier représentant fut l'antipape Clément VII, le comté fut intégré dans les possessions de la Maison de Savoie en 1401.

En 1444, il fut érigé en apanage des princes de Savoie. Annecy devint alors capitale d'une contrée couvrant leurs possessions du Genevois, du Faucigny et du Beaufortain.

Au XVIe siècle avec le triomphe du calvinisme à Genève, Annecy accueillait en 1535 l'évêché et les ordres religieux catholiques en fuite et devient la capitale de la Contre-Réforme menée par Saint François de Sales.

Dès la fin du XVIIe siècle, la ville connut une reconversion majeure en devenant un centre industriel important et innovant, lié à la force hydraulique du Thiou et à des personnalités entreprenantes.

Pendant la Révolution française et l'époque napoléonienne, la ville fut rattachée au nouveau département du Mont-Blanc dont le chef-lieu est Chambéry puis, à la Restauration, revint dans les possessions de la Maison de Savoie.

En 1860, suite au rattachement de la Savoie à la France, elle devint le chef-lieu du nouveau département de la Haute-Savoie.

Sa vocation industrielle s'affirma au XXe siècle sans nuire à son essor touristique favorisé par la découverte et le développement des sites et des plaisirs lacustres et alpestres.